Aykut Erdoğdu, 28 Ağustos 1972'de Kars Sarıkamış'ta doğdu. Babasının adı Asım, annesinin adı Seher'dir.

Yönetici; Gazi Üniversitesi İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi Kamu Yönetimi Bölümünden mezun oldu. ABD'de Carnegie Mellon Üniversity'de Kamu Politikaları ve Yönetimi konulu yüksek lisansını yaptı. 1995 yılında Hazine Müsteşarlığında stajer hazine kontrolörlüğüne atandı ve daha sonra başkontrolör oldu.

2004 yılında Amerika Birleşik Devletlerinde "Uluslararası Muhasebe ve Denetim Standartları" konusunda çalışmalarda bulundu. Uluslararası geçerliliği olan Sertifikalı İç Denetçi (Certified Internal Auditor-CIA) belgesinin sahibidir. İngilizce ve Almanca bilen Erdoğdu, evli ve 1 çocuk babasıdır.